“http://” と言うリファラのアクセスがうちでも 300 以上あったりしたので、それの影響な気がします。ここの spam filter だと前方一致してるんですかね。

ご指摘ありがとうございます。これですっきりしました。
このサイトのspam filterにはいくつか問題があることがわかりました。
ここでは、b2evolutionにいくつかの改変をして運用しています。

１．spam filterのキーワードとして、http://のスキーマを含めて、Potential Spammer Listに記録されることがある。
- そのため、http://というブラックリストが登録されてしまった。
2. 意図していない短時間多頻度のコメント・トラックバック、およびリファラのURLについては、自動的にbanすることがある。
3. LIKE文で検索しているために、広範囲にコメントが削除されることがある。

この結果、多くのコメントが消えたかもしれません。バックアップから順次サルベージします。また、対策が完了するまで自動削除機能は、一時オフにしています。

ということで、現象が理解できたとおもうので、バックアップからコメントやトラックバックを戻しました。

この問題の対策は、以下のように作業していきたいと思います。
1. SPAMの（自動）削除にあたっては、疑わしいコメント・トラックバックの日付を記録しておき、where節でそれ以降のコメント・トラックバックのみを削除する。
2.リファラをもとに自動削除する場合も、事象の日付時間を記録し、リファラのみ削除する。
3. http://を含まないホスト部のみ記録する。
4. ‘https?://’のみをリファラに持つ場合、つまりホスト部がNULLの対策をする。
というところでしょうか。